別の場所で質問をしていたのですが、ご回答をいただけないので、こちらで質問をさせて頂きます。

Sass、Bootstrap、Grunt初心者です。

【主な環境】

Mac OS X EL Capitan
Brackets
Chrome
を主に使用して開発をしています。

【作っているもの】

現在Bootstrapをベースにしたテーマ、
「Honoka」
http://honokak.osaka/
を利用させていただきながら、ウェブサイトを作っています。

【現状レベル】

サイトでのビルド方法や、その他検索を参照しながら、
とりあえずビルドができるようになり、編集ができる状態です。

仕組みについては理解できていません。
Node、Grunt、Rubyなどもまったくわかっていない状態で、いろいろと検索して見ているようなレベルです。

【解決したいこと】

https://github.com/windyakin/Honoka/wiki/How%20to%20Build
こちらのWikiを見ながらビルドができる状態、サイトをひとつ作れている状態なのですが、

新しく別のサイトを作るときには、どのようにしたらいいのかが知りたいです。

新しく、Gitのリポジトリのクローンから始めるのでしょうか？
（すると現在ある同じ名前のフォルダが上書きされてしまいますよね？）

NodeやGruntなども新たにインストールするのでしょうか？

どうぞよろしくお願いいたします。