Windowsの方がメールが常にhtmlメールで送ってくるので、文末の引用部分がこちらのものと相まって大変カオスなことになっています。

最近ではいちいちテキストに変換して返信しているんですが…

なんのメーラーを使っているのかは分かりませんが、
デフォのものかThunderbirdかだと思います。

これらのメーラーを使っていると、引用部分がカオスになっていくことに気づかないものなんでしょうか？？
フォントサイズが統一される仕様があるとか…