内容：ローカル環境ではcss、jsは適用されているのにサーバーにアップすると適用が外れてしまう。
過去のログで似ているのを見つけて実践しましたが上手くできませんでした。
元々、WEBデザイナーではなく仕事の成り行きでどうしてもWEBを触ることになり作業をしています。プロの方に比べて詳しくはないと思います。すいません。

内容ですが、dwを使用しサイトを「サイト全体をPUTします」を実行。サイトにアクセスするとcssとjsが上手く動作していません。
cssとjsは共に「css」「js」フォルダに入っているため、記述は
<link rel="stylesheet" href="css/●●●.css">
<script type="text/javascript" src="js/●●●.js"></script>としています。
※フリーのテンプレートをお借りそれを元に制作しています。

試しにffftpに直接、フォルダ一式を入れるときちんと動作し適用された状態で正常に機能します。

他に必要な情報などがありましたら出来る限りお出しします。
どなたか教えて頂ける方がいましたら幸いです。