FORMタグでのファイルアップロードについての質問です。

FORMで選択したファイルをPHPの$_FILES変数で受け取り、サーバーに保存する仕組みを作るところでつまづいています。

1～2KB程度のファイルなら成功するのですが、それ以上のサイズだとエラーが発生します。
調べた所、
[UPLOAD_ERR_PARTIAL 3 アップロードファイルの一部しかアップロードされていない]
こういったエラーが発生しているようです。

php.iniの設定では、
post_max_size
upload_max_filesize
max_execution_time
memory_limit
に関しては数値を変えながら試してもうまくいかなかったので、それ以外に原因があるように思います。

サーバーはGMOのVPSサービスを利用しています。VPSでサーバー構築するのは初めてで不慣れなため、どこかに致命的な設定ミスがあるかもしれません・・・
また、別に利用しているレンタルサーバーでは問題なく動いたため、やはりサーバーの設定ではないかと考えています。

初心者なので説明に不足があるかもしれませんが、回答いただけたらと思います。
よろしくお願いします。