cpu命令セットは同じでも、各OSごとに呼び出し方が違うんですか？

例えばあるOSではaというバイナリコードが読み込まれた時に、ウィンドウを表示する命令をcpuに送るが、あるOSではbというバイナリコードが読み込まれた時にウィンドウを表示する命令をcpuに送る、、とかです。

OS ごとにcpu命令を送るためのバイナリコードが異なるから、それぞれのOSごとにソフトが用意されてるんですか？

ちなみに、osもアプリもcpu命令セット群であるという事は知っています。